魔法が現実の技術となって、一世紀 ──。　新入生の季節。この 『魔法科高校』 にも、一組の血の繋がった兄妹が入学した。　兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。　妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。　どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。

どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。一組の血の繋がった兄妹が、魔法科高校へ入学した。　成績優秀、才色兼備な妹・深雪が、主席入学生の慣例として魔法科高校の生徒会にスカウトされた。そして兄・達也も、とあるトラブルを払いのけた事件をきっかけに、違反行為を取り締まる風紀委員にスカウトされる。　劣等生《ウィード》にもかかわらず、風紀委員メンバーとなった達也。その活動中に、この学校を人知れず侵食する、謎の組織の存在を感じ取る。

七月中旬。『九校戦』 の季節。正式名称、『全国魔法科高校親善魔法競技大会』。そこでは毎年、全国から魔法科高校生たちが集い、熾烈な魔法勝負を繰り広げていた。　ここ第一高校でも、『九校戦』 の話題で持ちきり、校内は大いに沸き立っていた。　そして 『九校戦』 会場への出発当日。　類い希なる実力を持つ、将来の魔法師候補たちによる選手団が組織されていた。遠征メンバーには、『新人戦』 に参加する、一年生の主席生徒・司波深雪と、その兄・達也の姿もあった。競技に向け心を新たに意気込む深雪だが、一方で達也の表情は晴れず……。　『九校戦』 で勝敗を分かつには、選手の運動能力の他に、もう一つ重要なファクターがある。　それは、選手たちが持つCAD（術式補助演算機）の調整（チューニング）。　── 魔法の苦手な司波達也が、魔法の代わりに得意とする分野。　達也によって調整されたCADを手に、第一高校生徒による華麗なる圧勝劇、その幕が開く。