少年は、神をも殺す獣となる――!!　日本最高峰の陰陽師にして神の生まれ変わりを名乗る美少女・鳥羽梨於奈(とばりおな)は怒っていた。新たに彼女の「ご主人さま」となった少年六波羅蓮(ろくはられん)があまりに無能ゆえに。　神話の世界と繋がり、災厄をもたらす異空間『サンクチュアリ』。　蓮と梨於奈に課せられたミッションは、神話の筋書きを変え、異世界への門を閉じることだった。　だが、蓮は魔術界で最も権威ある結社《カンピオーネス》に所属しながらも、何の力も使えない“素人”だった……!?　「必ず神話の筋書きを変えろ。必要なら――神さえも殺せ」　神々の王ゼウス、女神アテナ、英雄アキレウス……神々と英雄が入り乱れる世界で、神域への挑戦が今はじまる！

新たなる神殺し“侯爵”見参――!!　サンクチュアリ・トロイアから帰還した蓮(れん)と梨於奈(りおな)は、つかの間のバカンスを楽しんでいた。結社の力をさらに強めるため、蓮との政略結婚を提案されて動揺する梨於奈。そんな二人の前に「侯爵」を名乗る新たなる神殺しが出現！　圧倒的な力で蓮たちを退け、北欧神話の世界「サンクチュアリ・ミズガルド」に姿を消してしまう。　侯爵の狙いは彼(か)の地に眠る魔狼フェンリルの復活と北欧神話における最終戦争「ラグナロク」を引き起こすことだった。神話世界の崩壊を防ぐためにミズガルドに乗り込む蓮と梨於奈。だが、侯爵には恐るべき能力と秘密があった!!　雷神トール、戦乙女ヴァルキュリエ、主神オーディン……新たなる英雄が入り乱れる第2巻!!

日本を震撼させる女神“イザナミ”降臨――！　北欧神話の世界から帰還した蓮たち一行は、梨於奈との婚約話を進めるため日本の魔術組織「神祇院」の本拠地・京都を訪れていた。梨於奈の妹・芙実花も登場し、将来の家族と仲を深めていく蓮。だが京都に新たな空間歪曲が発生し神話の世界と繋がってしまう!!　サンクチュアリ・黄泉比良坂――日本神話の世界を瞬く間に滅ぼした女神イザナミは日本へ侵攻、黄泉醜女と呼ばれる凶悪なゾンビたちで関西地方は溢れかえってしまう。未曾有の危機に為す術のない神祇院は、唯一神に対抗できうる“神殺し”六波羅蓮に日本を託すのだった……！　女神イザナミ、英雄スサノオ、八岐大蛇……日本を舞台に新たなる神話級バトルの幕が上がる!!

女神イザナミの日本侵攻と黄泉醜女と呼ばれる凶悪ゾンビによる未曽有の危機を救った六波羅蓮達。しかし太陽神アポロンに王女カサンドラを奪われてしまう。　神々の遠い故郷ヒューペルボレアに向かったという情報をもとにふたりを追って、六波羅蓮と鳥羽梨於奈は未知なる神域の門を探す。　鳥羽芙実花、聖徳太子、そして『謎の貴婦人』に助けられ、ついにやってきた世界。そこは世界のほとんどが水没した“滅びたあとの世界”であった…！　果てなき海を渡り島から島へと巡る蓮。恐るべき障碍を乗り越えアポロンとカサンドラを探し出すことは出来るのか――。　新たなる「神殺し」と出逢いが神域でのバトルを過熱させる!!

「神殺し」は世界を救えるか――。　ヒューペルボレアで繰り広げた太陽神アポロンとの戦いによってカサンドラを奪還した蓮たちは、芙実花と厩戸皇子を羅濠教主の下に残し、地球へ帰還の途につく。しかし、その際に「聖ヨハネの魂」に出会う。聖ヨハネは蓮たちに、地球滅亡の兆しがある、と告げる。　聖ヨハネの警告を受け、地球に戻った蓮たち。地球はかつて無い程の異常気象に直面し滅亡の一途を辿っていた。その時に蓮の目の前に女神アテナが姿を現す――!!　彼女は蓮に宣戦布告をし、地球に終末の時を迎えさせるべく、世界各地を駆け巡る!!　蓮は、アテナと終末の時を阻止することが出来るのか……!?　地球滅亡を懸け、「神殺し」とアテナとの決戦が始まる――!!